از زمان استقرار مجدد حاکمیت طالبان در افغانستان،جامعه تشیع این کشور تلاش زیادی کرده تا با درپیش گرفتن رویکرد مداراجویانه و مبتنی بر تبعیت از حاکمیت جدید،مانع از دامن زدن به اختلافات سیاسی و مذهبی شوند.با این حال حوادث چند هفته اخیر که شامل قتل چند عالم دینی شیعه در شهر هرات می شود،تردیدها و سوء ظن هایی را در روابط امارت اسلامی طالبان و شیعیان بوجود آورده است.هر چند که در وهله اول این دیدگاه که اقدامات و ترورهای اخیر با هدف برهم زدن روابط شیعیان و حکومت طالبان انجام می گیرد،تا حدی منطقی به نظر می رسد؛اما  نباید این مهم را نیز نادیده گرفت که عملکرد حاکمیت طالبان و همچنین دیدگاههای اعلام شده از سوی برخی مقامات آن، در راستای تضعیف مدارای مذهبی و بستر سازی برای  اقدامات تکفیریها عمل کرده است.حذف علمای شیعه از ساختار شوراهای ولایتی علماء از جمله اقداماتی بود که نه تنها با  فلسفه وجودی اعلام شده برای این شوراها  در تضاد قرار داشت؛بلکه یک بار دیگر بحث عدم پذیرش حقوق سیاسی و اجتماعی اقلیتها را از منظر رهبران امارت اسلامی طالبان مطرح کرد.                                              

اما علاوه بر موضوع ذکر شده ،انتشار عقاید افراطی برخی مقامات رده بالای طالبان نسبت به مذهب تشیع و شیعیان در قالب مقالات و کتاب ها نیز در طی این مدت جنجال برانگیز بوده است.کتاب "الاماره الاسلامیه و نظامها" نوشته عبدالحکیم حقانی قاضی القضات طالبان، یکی از همین نمونه ها است که در آن به صراحت بر یگانگی مذهبی در افغانستان،ننگ و عار دانستن مذاهب اقلیت ،مذموم بودن برقراری پیوند ازدواج با پیروان آنها و از همه مهتر، نادیده گرفتن شرایط و حقوق اقلیتها در محاکم قضایی تاکید شده است. در موردی دیگر می توان به کتاب "مباحث فی العقیده الماتردیّه" به قلم "نوراحمد اسلام جار" والی کنونی شهر هرات اشاره کرد.وی در این کتاب ضمن دادن نسبت های ناروا و تحریک آمیز به شیعیان ،آنها را در مرزهای تکفیر قرار داده است.هر چند که برخی با این استدلال که این کتابها پیش از حاکمیت طالبان در افغانستان نگاشته شده،سعی می کنند تا بر این گونه افراط گری ها سرپوش بگذارند،اما قرار گرفتن این افراد در مناصب عالی حکومتی از یکسو و تجدید چاپ چند باره این کتابها در دوره اخیر از سوی دیگر، جای هیچ گونه توجیهی باقی نمی گذارد. تردیدی نیست که این وظیفه حاکمیت طالبان است که مانع شعله ور شدن تنش های مذهبی و بستر سازی رشد تفکرات و تحرکات تکفیری در افغانستان شود.